首先是學生上學路程普遍變遠。一些非寄宿學生在村里學校撤并后要起早上學，個別的甚至來回要走兩三個小時。

其次是學生上學交通安全隱患增多。學校撤并后很多學生需要乘坐交通工具上學，由于農(nóng)村道路條件較差，車況良莠不齊，交通狀況復雜，學生上學途中的安全難以切實得到保障。

還有一個問題是寄宿制學校辦學條件保障不到位。由于撤并學校過快，農(nóng)村寄宿生大量增加，一些地方寄宿制學校辦學條件保障跟不上，生活管理人員缺乏，不少寄宿制學校床鋪緊張、食堂簡陋、廁位不足、冬季取暖和夏季防暑條件得不到保障。

另外，并入學校大班額問題突出。一些地區(qū)在并入學校辦學條件難以滿足的情況下，盲目撤并學校，致使并入學校大班額問題突出，教學資源嚴重不足，教育教學質(zhì)量難以保證。

此外，部分群眾經(jīng)濟負擔加大。村小或教學點撤并后，學生需要乘坐交通工具上學，增加了交通費用。寄宿生還要承擔部分或全部伙食費。有的家長在縣鎮(zhèn)陪讀，另需支付房租等生活費用。