檢方調(diào)查，陳水扁2008年后，指示辦公室幕僚陳心怡，將任職期間所持有的文書(shū)及機(jī)密資料，打包運(yùn)到卸任后的辦公室。帶走的資料包括安全部門(mén)、防務(wù)部門(mén)、涉外部門(mén)等單位呈送給陳水扁的匯報(bào)，還有扁家人官司及敏感人物的司法文件檔案。

特偵組偵辦扁案過(guò)程中，兩度搜索扁辦及其寶徠住處，查扣部分被扁帶走的公文，后來(lái)扁辦主動(dòng)要求馬辦拿回未被查扣的資料，馬辦也告發(fā)扁侵占公文；特偵組第三度搜索，三次共查扣102箱公文書(shū)，其中跟李登輝有關(guān)的密帳、隨扈筆錄等資料，還是陳水扁自己隨身攜回住處。

陳水扁雖辯稱各單位未要求繳回相關(guān)文書(shū)，且自己有權(quán)銷毀，即擁有處分權(quán)，不構(gòu)成侵占；但特偵組協(xié)請(qǐng)33個(gè)部會(huì)會(huì)勘，確認(rèn)公文機(jī)密等級(jí)及保密期限，就訊扁16次后，認(rèn)定扁侵占、隱匿公務(wù)上持有的文書(shū)17375件，其中3419件屬機(jī)密。另外有他個(gè)人可處分的文書(shū)，特偵組并未起訴。

特偵組指出，侵占機(jī)密公文案的起訴書(shū)共三大冊(cè)、1221頁(yè)、120萬(wàn)余字，因?qū)儆跈C(jī)密，全部不公開(kāi)，未來(lái)法院也將采秘密庭方式審理。